Kościół pod podwójnym wezwaniem św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty był główną świątynią Torunia. Historia świątyni jest burzliwa o obfituje w wydarzenia. Budowa trwała bardzo długo, a jej efektem był kościół tak wspaniały, że od razu Torunianie uznali go za najpiękniejszą świątynię swego miasta. Katedry nie omijały także przykre historie. Nawiedzają go pożary, dotykają go bunty religijne oraz długoletnie spory Protestantów i Katolików o przejęcie świątyni. Kościół Św. Janów odgrywał istotną rolę w życiu Torunian. To właśnie tu odbywały się wszystkie uroczystości miejskie, tu odprawiano uroczyste nabożeństwa z udziałem odwiedzających chętnie Toruń królów polskich, a do 1518 roku miały w tej świątyni miejsce wybory do władz miejskich.

Pierwszy kościół parafialny był budowlą drewnianą, zbudowaną w 1251 roku na pierwotnym centralnym placu miasta. Już pomiędzy 1263 a 1269 rokiem spłonął w pożarze Torunia. Budowa nowego, już teraz po strasznej lekcji ceglanego kościoła przypada na lata 1270-1330. Około pierwszej poł. XIV wieku dobudowano boczne kaplice od północnej strony a rząd kaplic południowych powstaje na przełomie wieków XIV i XV. Po jednej kaplicy przypada na każde przęsło nawy. Wkrótce (przed 1388 rokiem) zostaje podwyższona nawa główna, co oznacza, że hala przekształca się tym samym w bazylikę. W drugiej połowie XV wieku świątynia otrzymuje swój kształt ostateczny. Dobudowano zwieńczoną attyką kruchtę północną i w roku 1484 dostawiono od południa kruchtę według projektu rzeźbiarza i architekta Hansa Brandta. W 1497 roku przy północnej ścianie prezbiterium powstaje niewielki skarbczyk.

Rok 1500 to data bardzo znacząca dla kościoła Św. Janów. Na wieży zawisł odlany przez toruńskiego ludwisarza Marcina Schmidta wspaniały dzwon Tuba Dei (łac. Trąba Boża). Jest to drugi co do wielkości dzwon w Polsce tuż po krakowskim Dzwonie Zygmunta. Tuba Dei jest wielką dumą Torunia i dzwoni jedynie na specjalne okazje, kiedy wydarzy się coś tak ważnego, jak koronacja, czy śmierć króla. Dzwon waży 7238 kg, a jego średnica wynosi 2,27m. W tym samym czasie wieża otrzymuje zegar flisaczy na południową ścianę, czyli zwrócony do Wisły.

Katedra dzięki swojej barwie, monumentalności, harmonii elementów z dominującym akcentem w postaci wieży wyróżnia się spośród swojego otoczenia i jest nieodzownym elementem panoramy Torunia od strony Wisły, której nadaje niepowtarzalny charakter.

Wnętrze kościoła Św. Janów przebogate jest w zabytki sztuki gotyckiej, późnogotyckiej, manierystycznej, barokowej i rokokowej. W skład wyposażenia świątyni wchodzą freski, ołtarze rzeźbione i malowane, wolnostojące rzeźby, organy, ambona i epitafia. Wszystkie te zabytki cechuje wysoki poziom artystyczny.

XVII i XVIII wiek to dla Torunia okres zamieszek na tle religijnym. Dla historii kościoła Św. Janów istotnym wydarzeniem jest splądrowanie kościoła w 1606 roku i tzw. Tumult toruński w 1724 roku, kiedy to zdewastowano kolegium jezuickie i zbezczeszczono przedmioty kultu. Dzieła zniszczenia tego zabytku dopełnia potop szwedzki i bombardowanie kościoła w 1703 roku. Rok 1773 kończy okres jezuickiego panowania w bazylice Św. Janów. Zakon Jezuitów ulega kasacie i kościół obejmują księża diecezjalni. Gdy w 1793 roku do Torunia wkraczają Prusacy, stworzone przez Jezuitów kolegium zostaje zamienione na koszary. Wreszcie na mocy bulli Jana Pawła II z 25 III 1992 roku kościół staje się katedrą biskupią nowo utworzonej Diecezji Toruńskiej.