Kościół znany dziś jako należący do Zakonu Jezuitów kościół p.w. Ducha Świętego, był pierwotnie świątynią protestancką. Budowę jego rozpoczęto w 1724 roku, gdy podczas Tumultu Toruńskiego Protestanci utracili kościół p.w. Wniebowzięcia NMP. Kamień węgielny pod budowę nowego kościoła, który będzie nosił wezwanie św. Krzyża położono w 1743 roku. Budynek zaprojektował architekt z Drezna Andrzej Adam Beahr. Świątynia miała stanąć na miejscu stojących tu wcześniej trzech kamienic, które spłonęły. Po dziesięciu latach budowa zostaje wstrzymana i dopiero w 1754 roku budowniczowie otrzymują pozwolenie na kontynuowanie budowy, pod warunkiem, że zmienią projekt i kościół nie będzie miał wieży. Wykonuje go toruński architekt Efraim Schröger. Oczywiście budowla wykorzystała powstałe przed 1754 rokiem fundamenty, a kierownictwo budowy objął porucznik August Konrad Hoffmann. W 1756 roku ukończony już kościół zostaje uroczyście poświęcony. XIX stulecie to dla budynku kościoła czas remontów. Pierwszy następuje w 1821 roku. Budynek zostaje wówczas gruntownie odnowiony a jego wnętrze, zgodnie z doktryną protestancką zostaje pobielone. Następny remont ma miejsce w 1836 roku, a w siedem lat później usunięty zostaje mur otaczający kościół. Na lata 1893-1899 przypada budowa zwieńczonej wysokim obeliskowym hełmem wieży, według projektu niemieckich architektów Karla Schaefera i Hugona Hartunga. Wieża stała się najbardziej charakterystycznym elementem ożywiającym bryłę kościoła. Miedziany hełm, który otrzymała podczas kolejnego remontu kościoła w latach 1926-1928 sprawia, że kościół jest doskonale widoczny w panoramie miasta i zaznacza w nim swoją obecność. W czasie tego remontu odnowiono gzymsy zewnętrzne i otynkowano fasadę.

W pierwszej połowie XX wieku, w latach 1926-1928 kościół podlega kolejnemu remontowi. Fasada zostaje otynkowana, gzymsy odnowione, a wieża otrzymuje nowe, miedziane pokrycie hełmu. Od 1945 roku kościół jest siedzibą Jezuitów i dnia 8 maja 1945 roku świątynia otrzymuje wezwanie Ducha Świętego. Następują kolejne remonty i restauracje kościoła. Przebudowie ulega wnętrze budynku. Usunięto wówczas część empor a we wschodnie okno wstawiono nowy witraż (zaprojektowany w 1925 roku). W latach '60 został odrestaurowany ołtarz główny i powstała kaplica wiecznej adoracji Najświętszego Sakramentu, którą umieszczono w północno-zachodnim narożniku kościoła. W 1978 roku zostaje odnowiona piękna polichromia ściany za ołtarzem, zaś w latach '80 następuje remont więźby dachowej, dachu i organów. W nocy z 8 na 9 maja 1989 roku dochodzi w kościele do wielkiej tragedii. Z niewyjaśnionych dotąd przyczyn w świątyni wybucha pożar, który trawi wspaniałe organy z 1760 roku i niszczy doszczętnie malowidło znajdujące się na zachodniej ścianie kościoła, za ołtarzem. Organy były dziełem Fryderyka Rudolfa Dalitza z Gdańska, twórcy słynnych organów z katedry w Oliwie. Malowidło rekonstruują obecnie toruńscy konserwatorzy zabytków, lecz organy kościół utracił bezpowrotnie. Jest to wielka, niepowetowana strata, która boleśnie dotknęła mieszkańców Torunia i Ojców Jezuitów.