Zbudowana w latach 1309-1424 gotycka świątynia służyła parafii Nowego Miasta i zarazem była kościołem zamkowym. Przed kościołem murowanym w tym narożniku Rynku Nowomiejskiego stał kościółek drewniany służący tylko zamkowi krzyżackiemu. W roku 1309 z inicjatywy zakonu kamień węgielny pod budowę nowej świątyni położyl biskup Chełmiński Herman. Formalną opiekę nad kościołem sprawował zakon lecz w 1345 roku przekazał ją cystersom. Kolejno opiekę nad świątynią wypełniały benedyktynki (od 1425 roku), które w 1456 roku przekazały ją radzie miejskiej. Od 1557 do 1667 roku kościół służył protestantom a potem zakonowi benedyktynów. Po kasacie zakonu w 1832 roku kościół pod wezwaniem św. Jakuba Apostoła pełnił funkcję fary nowomiejskiej.