Zamek Krzyżacki stał na wzniesieniu nad Wisłą, w bezpośrednim sąsiedztwie murów staromiejskich. Usytuowanie takie zapewniało załodze całkowitą kontrolę nad przeprawą i żeglugą na Wiśle oraz oczywiście nad miastem. Wzajemne usytuowanie miasta i zamku w stosunku do biegu rzeki nie bylo zapewne rzeczą przypadku.

Położenie jego powyżej miasta pozwalało na lepszą jego obronę przed nieprzyjacielem zagrażającym od strony rzeki. Źrodła nie przekazały nam daty budowy zamku toruńskiego. Nie ulega jednak wątpliwości, że Zakon obrał to miejsce przed 1233 r. i od razu przystąpił do wznoszenia umocnień. W przywileju chełmińskim jest mowa o istniejącej już warowni krzyżackiej na terenie miasta. Zachowany do dziś blankowy mur z wielkich otoczków granitowych, stanowiący północno-wschodnie zamknięcie zamku, pochodzi być może jeszcze z tego okresu. Na prospekcie Meriana z 1652 r. ta część terenu nazwana jest "starym zamkiem". W 1255 r. biskup sambijski Henryk dokonał zapisu na budowę wieży lub murów zamku toruńskiego. W 1263 r. wydano list odpustowy dla pomagających przy budowie nowej kaplicy. O dużych pracach budowlanych, wykonywanych w drugiej połowie XIII w. świadczą obecnie odsłaniane partie zamku (wieża, skrzydła zamkowe z krużgankiem wokół dziedzińca) oraz dansker i zachowana częściowo tama, spiętrzająca wody fosy pomiędzy zamkiem a Starym Miastem. Końcową fazą rozbudowy było wzniesienie w końcu XIV w. reprezentacyjnych pomieszczeń dla komtura i rozbudowa przedzamcza (arkadowany mur zewnętrzny wschodniego przedzamcza). Po zdobyciu zamku przez mieszczan toruńskich w 1454 r. miasto przystąpiło do systematycznej jego rozbiórki na materiał budowlany. W nastepnych wiekach teren używano na zsypisko śmieci i ogrody. Źródła nie przekazały wiadomości o wyglądzie zamku i dopiero ostatnie prace archeologiczne wyjaśniły częściowo jego rozplanowanie.

Był to zamek założony na planie nieregularnym, charakterystycznym jeszcze dla XIII w. Zamek rozplanowany był na trzech poziomach : zamek górny, przedmurze, przedzamcza. Na zamku głównym stał kilkupiętrowy budynek mieszkalny braci zakonnych, zawierający również reflektarz i kaplicę. Składał się on prawdopodobnie z trzech skrzydeł, załamanych pod kątem prostym, ustawionych wzdłuż wschodniego, południowego i zachodniego boku terenu zamkowego. Pośrodku znajdował się dziedziniec. Z zamku górnego zachowały się sklepione piwnice i prawie cały parter wraz z fragmentami arkadowego krużganku od strony dziedzińca. W jego części północnej odkryto fundamenty potężnej, wolnostojącej, ośmiobocznej wieży. Brama wjazdowa znajdowała się w północno-wschodnim narożniku. Zamek był otoczony dookoła szerokim przedmurzem, obiegającym poniżej. Znaleziska średniowiecznych detali : glazurowanych ktafelek posadzkowych, kafli, profilowanych cegieł i fragmentów tynków z polichromią, świadczą o bogatym wyposażeniu wnętrz zamkowych.

U stóp zamku założono od północy, wschodu i południa kilka przedzamczy, oddzielonych od siebie murem. Bokiem zachodnim przylegał teren zamkowy bezpośrednio do fosy, oddzielającej go od Starego Miasta. Na zamknięciu tej fosy zbudowano murowaną tamę, która wchodziła w skład zamkowego systemu obronnego. Górną kondygnację tamy rozczłonkowano ostrołukowymi otworami, za którymi mieściły się pomieszczenia z urządzeniami do zamykania służby,; od strony Wisły, w połowie wysokości biegła galeryjka. Na terenie wschodniego przedzamcza wzniesiono nad strumieniem wysoką, kwadratową wieżę, zwaną danskerem, przeznaczoną na ustępy, podobną do danskerów zamkowych w Malborku i Kwidzyniu. Połączono ją z zamkiem górnym murowanym gankiem, wspartym na dwóch wielkich arkadach, przeżuconych przez teren przedmurza i przedzamcza. Nakrycie ganku, urozmaicone rzędem poprzecznych daszków i trójkątnymi szczytami, było pierwotnie wykonane z wielkich, glazurowanych cegieł. Jak wskazują zachowane ślady, wieża była początkowo znacznie wyższa, a górne jej kondygnacje przechodziły w ośmiobok. Ściany danskeru przyozdobiono fryzami ze skośnie ułożonych cegieł oraz ornamentem rombowym z zendrówek. Obszerne przedzamcza, założone dla lepszej obrony i koncentracji wojsk, stanowiły również gospodarcze zaplecze zamku. Przepływająca przez wschodnie przedzamcze struga, zwana Bachą (Bostolz), napędzała młyny zamkowe : górny, wymieniony już w 1262r. oraz mały, zwany także dolnym , postawiony poniżej na początku XV w. Prócz młynów na terenie przedzamczy znajdowały się : piekarnia, browar, spichrz zbożowy, magazyny tkanin, uprzęży i wełny, wozownie, kuźnie, siodlarnia, masztelarnia, stajnie, podwórze drzewne, zagroda świnska i by dlęca. Za wschodnim przedzamczem był założony staw rybny. Poza nim leżała obszerna Wola Zamkowa, zajmująca cały teren pomiędzy Nowym Miastem a Wisłą. Do czasu powstania Nowego Miasta , Wola otaczała zamek także od północy dochodząc aż do murów staromiejskich.

Zamek toruński był pierwszą murowaną warownią krzyżacką na ziemi chelmińskiej. Założony równocześnie z miastem tworzył wraz z nim strzeżony system obronny. Cechuje go jeszcze dążenie do maksymalnego spiętrzenia terenu. Schemat nizinnego zamku krzyżackiego wykrztałcił się dopiero w drugiej połowie XIII w.